Das BFE fördert die anwendungsorientierte Energieforschung. Es stellt den Zugang von Schweizer Forschenden zu den Forschungsprogrammen der Internationalen Energieagentur (IEA) und der EU sicher (Forschungsrahmenprogramme, Strategic Energy Technology Plan SET-Plan).
Die Förderung richtet sich nach dem «Energieforschungskonzept des Bundes», welches von der Eidgenössischen Energieforschungskommission (CORE) alle vier Jahre überarbeitet wird. Dieses umfasst sowohl die wissenschaftliche Forschung als auch Pilot- und Demonstrationsprojekte (P+D-Programm). Mit diesem, sowie mit der Förderung des Wissens- und Technologietransfers (WTT), unterstützt das BFE die Innovationsprozesse an der Schnittstelle von Forschung, Industrie und Markt.
Ab 2021 werden mit dem Förderprogramm SWEET ausserdem konsortial organisierte Projekte, welche zentrale Forschungsfragen der Energiestrategie 2050 bearbeiten, gefördert.
